Transformers Decepticon Simple Logo T-shirt

Transformers har igennem tiden haft en del crossovers med andre tegneserier. For eksempel gæsteoptrådte Spider-Man i et nummer af Transformers, dengang Marvel udgav tegneserien. Samarbejdet stoppede dog ikke der. Efter at IDW overtog udgivelsen af Transformers tegneserier, var der igen en crossover med Marvel. Denne gang var det serien New Avengers, der fik besøg af robotterne.

G.I. Joe er dog klart den tegneserie med flest Transformers crossovers. De har haft mange miniserier sammen, senest i 2016 serien Transformers vs. J.I. Joe. Desuden var Transformers også en del af IDWs store crossovers event, Infestation, hvor også Ghostbusters, Star Trek, Teenage Mutant Ninja Turtles og Dungeons and Dragons var med.