Turtles New York 1984 T-shirt

TMNT har i deres mange forskellige versioner også forskellige oprindelseshistorier. Den allerførste fra tegneserien deler faktisk en uofficiel oprindelse med Daredevil, da det er selvsamme stof der gør Matt Murdock blind og muterer de fire skildpadder. Dette skyldes at de to TMNT skabere Kevin Eastman og Peter Laird var store fans af Daredevil, og derfor ville have en hyldest med til ham i deres første TMNT historie.

Fælles for alle versioner af padderne er, at de bor i New York Citys kloaker og gør deres bedste for at holde byen sikker fra Shredder, Bebop, Rocksteady og Krangs mange angreb og forsøg på at overtage styringen af byen.